O SNIS Municípios inclui os dados tanto de Água e Esgotos (consolidados por município) quanto de Resíduos Sólidos.

Possui as seguintes famílias de informações de Água e Esgoto: Gerais; Contábeis (exceto autarquias e administração pública direta); Operacionais – água; Operacionais – esgotos; Financeiras; Qualidade (nível municipal); Pesquisa sobre sistemas alternativos (somente locais); Tarifas; e Informações sobre PMSB. Além disso, a partir dessas informações são calculados e disponibilizados os indicadores que compõem as seguintes famílias: Econômico-financeiros e administrativos; Operacionais – água; Operacionais – esgotos; Contábeis (apenas empresas); e Qualidade (nível municipal). Com relação a Resíduos Sólidos, possui as seguintes famílias de informações: Gerais; Coleta; Resíduos construção civil; Coleta seletiva; Resíduos serviços de saúde; Varrição; Capina e roçada; Catadores; Outros serviços; e Unidades de processamento. Além disso, a partir dessas informações são calculados e disponibilizados os indicadores que compõem as seguintes famílias: Gerais; Coleta; Coleta seletiva; Resíduos serviços de saúde; Varrição; e Capina e roçada.

A pesquisa de dados municipal do SNIS pode ser feita a partir de 2 lógicas distintas: por Informações e indicadores municipais consolidados; e Agrupamento dinâmico de indicadores e informações por ano de referência.